Penggolongan organisme dengan menggunakan sistem klasifikasi filogenetik, dilaksanakan akan berdasarkan kesamaan hubungan kekerabatan antar organisme yang sesuai proses evolusinya.
Konsep filogenetik menekankan pada hubungan kekerabatan evolusi organisme, sehingga penggolongan organisme didasarkan pada sejarah evolusi organisme tersebut.
Dalam sistem klasifikasi filogenetik, organisme dikelompokkan berdasarkan hierarki yang mencakup beberapa tingkat taksonomi, dimulai dari tingkat tertinggi hingga tingkat terendah. Tingkatan tertinggi adalah domain, diikuti oleh kingdom, filum, kelas, ordo, famili, genus, dan spesies.
Pada tingkatan domain, organisme dibagi menjadi tiga kelompok besar yaitu Archaea, Bacteria, dan Eukarya. Kelompok Archaea dan Bacteria terdiri dari organisme prokariotik, sedangkan kelompok Eukarya terdiri dari organisme eukariotik. Setiap kelompok tersebut memiliki karakteristik khusus yang membedakannya dari kelompok lainnya.
Pada tingkatan kingdom, organisme dikelompokkan berdasarkan karakteristik khusus seperti jenis sel, mode nutrisi, dan cara reproduksi. Kingdom dibagi menjadi lima yaitu Monera, Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Organisme dalam kingdom Monera dan Protista umumnya bersifat uniseluler, sedangkan organisme dalam kingdom Fungi, Plantae, dan Animalia bersifat multiseluler.
Pada tingkatan filum, organisme dikelompokkan berdasarkan karakteristik anatomis, morfologi, dan fisiologi yang khusus. Contohnya, filum Chordata, termasuk vertebrata dan mamalia, memiliki ciri khas berupa adanya notokord, dorsal nerve cord, pharyngeal slits, dan post-anal tail.
Dalam pembelajaran biologi, penggunaan sistem klasifikasi filogenetik sangat penting untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara organisme dan juga untuk memahami evolusi kehidupan di Bumi. Oleh karena itu, disiplin ilmu ini harus dipelajari secara seksama dan diaplikasikan dalam praktik pengamatan dan penelitian.
